由于受到两根螺杆中心距尺寸小的限制，在传动齿轮箱中，给予支撑两输出轴的径向轴承和推力轴承以及相关传动齿轮的空间很有限，尽管设计者费尽脑汁，但也无法解决轴承的承载能力、齿轮的模数、直径小、两螺杆的尾部直径小的现实，导致抗扭力差的结果。输出扭距小、抗负荷能力差，是平行双螺杆挤出机最为显著的缺陷。
但长径比的可塑性是平行双螺杆的优势，它可根据成型条件的差异，可增大和减小长径比以适应塑料加工工艺要求，可以扩展平行双螺杆的适用范围，但这点锥形双螺杆挤出机是难以做到的。